中大型哺乳類調查期程為2012年3月至2022年11月止，調查範圍為台9線蘇花公路山區路段改善計畫施工範圍，包括蘇澳～東澳（A段）、南澳～和平（B段）、和中～大清水（C段）等三個工程段，在執行可行性及設置比較樣區的實質意義考量下，規劃以施工干擾區（施工樣區）與比較樣區，因蘇花改為線型開發案（道路開發案），依行政院環境保護署2011年7月修正之「動物生態評估技術規範」調查範圍規定，故本計畫在工程圍籬外150-500m間劃設合適地點為施工樣區，另在工程圍籬外500至1,000m間劃設比較樣區進行監測比較。中大型哺乳類調查方法及樣區選擇如下：

(一) 中大型哺乳類

為瞭解工程施作是否對於野生中大型哺乳動物造成影響，本計畫在蘇花公路改善工程沿線施工範圍選擇東澳隧道北端（A1標，開工日期為2012年12月15日；通車日期為2018年2月5日）、東澳隧道南端（A1標，開工日期為2012年12月15日；通車日期為2018年2月5日）、東岳隧道北端（A2標，開工日期為2012年9月7日；通車日期為2018年2月5日）、武塔隧道南端（B1標，開工日期為2012 年2 月16日；通車日期為2020年1月5日）、谷風隧道（B3標，開工日期為2011 年11 月1日；通車日期為2020年1月5日）、中仁隧道北端（C1標，開工日期為2015 年4月1日；通車日期為2020年1月5日）、中仁隧道南端（C1 標，開工日期為2015 年4月1日；通車日期為2020年1月5日）及仁水隧道（C2標，開工日期為2016 年8月1日；通車日期為2020年1月5日）等，設置8組樣區，包括A段3個施工樣區、B段2個施工樣區及C段3個施工樣區，而每個施工樣區都各有1個與其對應的比較樣區，共架設16台紅外線自動照相機，進行野生中大型哺乳動物調查。調查頻度為每季2次，每次間隔至少1個月，每次進行為期5天4夜之調查工作。季節區分依據「動物生態評估技術規範」建議，春季為3～5月、夏季為6～8月、秋季為9～11月、冬季為12月至隔年2月。

1.紅外線自動相機調查法

紅外線自動相機其原理乃利用裝置熱感應器啟動相機，拍攝溫度感應範圍內所經過之恆溫性動物，如哺乳動物與鳥類。紅外線自動相機設置地點以獸徑、水域旁、倒橫木為佳。架設高度大約為1至 1.5m（腰部至胸部）的高度，通常照攝點呈朝下約45°之角度為佳，焦距設定於1至3m處。

本計畫調查使用相機型號為Keep Guard KG-760 NV和Browning Spec OPS系列（Advantage 8A、Elite 8E-HP4及HP5），在相機樣點範圍及周邊，如因天然災害（風災、土石崩落等）或人為干擾（工程施工、狩獵等）影響，將會調整相機地點或位置。

2.跡象調查法

隨機選擇林道、登山小徑、或穿越樹林區、草生地和已架設紅外線相機樣點周邊，配合望遠鏡，禁聲緩步徐行，尤其注意林道小徑、河川兩岸、崩塌地、森林內地面等處；以目視搜尋可能出現之中大型哺乳動物個體，以及因其活動、覓食、築巢等行為所遺留下來的跡象，包括足印、食痕、排遺、叫聲、路徑、骨頭殘骸等。