台灣野山羊調查期程為2012年3月至2022年11月止，調查範圍於台9線蘇花公路山區路段改善計畫施工範圍（包括A段蘇澳至東澳段、B段南澳至和平段、C段和中至大清水段）及原台9線蘇花公路沿線，有適於台灣野山羊棲息的棲地設置紅外線自動相機進行長期監測。調查頻度為每季2次，每次間隔至少1個月，每次進行為期5天4夜之調查工作。季節區分依據「動物生態評估技術規範」建議，春季為3～5月、夏季為6～8月、秋季為9～11月、冬季為12月至隔年2月。

1.紅外線自動相機調查法

紅外線自動相機其原理乃利用裝置熱感應器啟動相機，拍攝溫度感應範圍內所經過之恆溫性動物，如哺乳動物與鳥類。紅外線自動相機設置地點以獸徑、水域旁、倒橫木為佳。架設高度大約為1至 1.5m（腰部至胸部）的高度，通常照攝點呈朝下約45°之角度為佳，焦距設定於1至3m處。

本計畫調查使用相機型號為Keep Guard KG-760 NV和Browning Spec OPS系列（Advantage 8A、Elite 8E-HP4及HP5），在相機樣點範圍及周邊，如因天然災害（風災、土石崩落等）或人為干擾（工程施工、狩獵等）影響，將會調整相機地點或位置，如有發現其他適宜台灣野山羊利用之棲地，則增設新相機樣點。

2.跡象調查法

隨機選擇林道、登山小徑、或穿越樹林區、草生地和已架設紅外線相機樣點周邊，配合望遠鏡，禁聲緩步徐行，尤其注意林道小徑、河川兩岸、崩塌地、森林內地面等處；以目視搜尋可能出現之台灣野山羊個體，以及因其活動、覓食、築巢等行為所遺留下來的跡象，包括足印、食痕、排遺、叫聲、路徑、骨頭殘骸等。此外，亦記錄調查過程發現的其他哺乳動物跡象，藉以瞭解研究區域內共域種類及分布狀況。