於蘇花改施工路段範圍共設立了13組兩棲類調查樣區（每組包含施工樣區及比較樣區各1個）。施工樣區之設置主要選擇於計畫沿線路段隧道口、高架橋或路堤施工圍籬外500m內；而比較樣區則選擇施工圍籬外500m至1km內：

1.網具捕捉法

選擇寬度適當且鬱閉度良好之林道、步道或蝙蝠棲所出入處，於天黑前架設豎琴網為主（附錄4-附圖1），於夜間置放至少3hrs或整夜於調查樣點捕捉飛經的蝙蝠。捕獲之個體經辨識種類、性別、年齡，測量外部形態值（如體重、前臂長等），並於上標後原處釋放且同時測錄其回聲定位音頻（超音波）。另可利用廣口捕蟲網具捕捉棲息在洞穴或任何棲所之個體，以進行物種調查。惟直接入蝙蝠棲居之洞穴內捕捉正在休眠的蝙蝠對其干擾很大，易造成很大的緊迫壓力或竄逃亂飛，需相當小心，尤其在蝙蝠冬眠期與生殖期。

2.超音波回聲測錄辨種法

根據所設定的蝙蝠音波監測站，於蝙蝠的活動高峰期（如日落後3hr內），運用蝙蝠音頻偵測系統（ANABAT System）（附錄4-附圖2）在野外測錄飛行活動中蝙蝠所發出的超音波（鄭與周 2007；周與李2006；Chick and Lumsden 1999），通常於日落時間（參考中央氣象局所提供的當地日落時間）3hr內至少持續1hr以上。所得音頻資料依據Chou and Cheng（2012）、周等（2010）及鄭等（2017）之參考音頻資料來分析與判定物種。此方法可輔助網具無法捕捉到或逃逸蝙蝠種類的物種判斷。此方法需在搭配野外測錄蝙蝠物種之超音波（由網具捕捉或棲所勘查所得物種與個體）以建置回聲定位資料庫（reference call database）以進行比對判別。目前調查經驗所知，許多不容易利用霧網或豎琴網捕捉的蝙蝠種類，可經由超音波回聲測錄來確認其存在。

3.棲所勘查法

蝙蝠棲息之處多位在住宅屋簷下、人工構造物、洞穴隧道內、岩縫中、樹叢間等，可在黃昏時於蝙蝠棲所前觀察外飛之蝙蝠個體，或夜間之天空中、田野、河流上方、街燈下飛行及短暫夜棲休息之蝙蝠。當發現蝙蝠個體時，可依其體形大小、飛行方式、活動空間，並可配合蝙蝠偵測器所偵測之頻率範圍辨識種類。當發現確有蝙蝠棲住的棲所，將嘗試入內探查以確定物種、組成及使用該棲所的型式（日夜間棲息、生殖、度冬等），若有鑑種、測錄超音波音頻等需求則進行捕撈，之後按上述辨種、測量及標放程序處理。

4.記錄項目

（1）調查樣區：縣市、鄉鎮村/地名，林道名，流域名等。

（2）地理位置：可利用GPS定位測量經緯度（WGS84）或TM2度座標。

（3）天候：可粗分為晴天、陰天、陰雨、雨天等現象。

（4）調查人員、記錄人員、資料輸入者（可能同一人或不同人）姓名。

（5）調查日期：調查的日期，包括年、月、日。

（6）調查時間與發現物種的時間，包括時、分。

（7）物種名：含中文名稱與學名。

（8）調查方法：捕捉、目擊或超音波判識。

（9）數量：捕捉或發現隻次、跡象（數量、型態、大小等）。

（10）棲地型態：可區分為巨棲（Macrohabitat）與微棲（Microhabitat）。巨棲可粗分為針葉林、闊葉林、混生林、農墾地、草生地、河川水域、河口沼澤等；微棲則可記錄動物被發現之點。

（11）海拔：以GPS、海拔高度計測量或等高線地圖查知。

（12）備註：調查人員之特別註記、注意事項、心得等。