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細胞生物總域 Cellular Organisms
- 真核生物域 Eukaryota
  - 真菌界 Fungi
    - 擔子菌門 Basidiomycota
      - 外擔子菌綱 Exobasidiomycetes
        外擔菌目 Exobasidiales
        Cryptobasidiaceae
        Acaromyces
        Acaromyces ingoldii Boekhout, Scorzetti, Gerson & Sztejnb., 2003
      - 銀耳綱 Tremellomycetes
        銀耳目 Tremellales
        隱球酵母科 Cryptococcaceae
        隱球酵母孢菌屬 Cryptococcus
        Cryptococcus flavus Saito Phaff & Fell, 1970
        Cryptococcus laurentii Kufferath E.C. Skinner., 1950
        Cryptococcus luteolus Saito E.C. Skinner., 1950
        Cryptococcus magnus Lodder & Kreger-van Rij Baptist & Kurtzman 1977
        新型隱球酵母孢菌 Cryptococcus neoformans Sanfelice Vuillemin, 1901
      - 擔子菌綱 Basidiomycetes
        Filobasidiales
        線黑粉菌科 Filobasidiaceae
        Naganishia
        白色隱球酵母孢菌 Naganishia albida Saito Skinner
      - 傘菌綱 Agaricomycetes
        多孔菌目 Polyporales
        擬層孔菌科 Fomitopsidaceae
        側孢黴屬 Sporotrichum
        黃金側孢黴 Sporotrichum aurantiacum (Bull.) Fr. 1832
    - 子囊菌門 Ascomycota
      - 糞殼菌綱 Sordariomycetes
        炭角菌目 Xylariales
        Beltraniaceae
        Beltrania
        同曲錐頂帶紋菱孢菌 Beltrania concurvispora
        Beltrania querna
        錐頂帶紋菱孢菌 Beltrania rhombica
        肉座菌目 Hypocreales
        叢赤殼科 Nectriaceae
        Fusicolla
        Fusicolla aquaeductuum
        Fusicolla merismoides
        地位未定 Sordariomycetes ordo incertae sedis
        Junewangiaceae
        Junewangia
        Junewangia globulosa
        端隔孢殼菌科 Apiosporaceae
        斯氏格孢菌屬 Spegazzinia
        戴頓斯氏格孢菌 Spegazzinia deightonii (Hughes) Subramenian, 1956
        新德亞斯氏格孢菌 Spegazzinia sundara Subramenian, 1956
        十字斯氏格孢菌 Spegazzinia tessarthra (Berk. & M.A. Curtis) Sacc.
      - 錘舌菌綱 Leotiomycetes
        柔膜菌目 Helotiales
        Pezizellaceae
        Chalara
        Chalara aotearoa
        休斯內串生孢菌 Chalara hughesii
        山生內串生孢菌 Chalara montellica
        香蕉內串生孢菌 Chalara musae
        寬鋸齒狀內串生孢菌 Chalara urceolata
        Neolauriomycetaceae
        外串生孢菌屬 Exochalara
        最長外串生孢菌 Exochalara longissima
      - 地位未定 Ascomycota classis incertae sedis
        地位未定 Ascomycota ordo incertae sedis
        地位未定 Ascomycota familia incertae sedis
        Corynesporopsis
        Corynesporopsis quercicola
        外子座孢菌屬 Ectostroma
        稻外子座孢菌 Ectostroma oryzae
        透明束絲黴屬 Hyalosynnema
        多隔透明束絲黴 Hyalosynnema multiseptatum
        Isthmotricladia
        Isthmotricladia gombakiensis
        黑黏束孢黴屬 Melanographium
        柑橘黑黏束孢黴 Melanographium citri
        硒狀黑黏束孢黴 Melanographium selenioides
        單孢黴屬 Monosporium
        月桃單孢黴 Monosporium alpiniae
        布袋蓮單孢黴 Monosporium eichhorniae
        Parastenella
        Parastenella gupoyu
        假漢斯黴屬 Pseudohansfordia
        蘭嶼假漢斯黴 Pseudohansfordia lanyuensis Matsush. 1987
        美麗假漢斯黴 Pseudohansfordia pulchra (Linder) Matsush. 1987
        Scutisporus
        Scutisporus brunneus
        Stachycoremium
        Stachycoremium parvulum
        Venustosynnema
        Venustosynnema reniformisporum
  - 原藻界 Chromista
    - 定鞭藻門 Haptophyta
      - 顆石藻綱 Coccolithophyceae
        條結球藻目 Syracosphaerales
        條結球藻科 Syracosphaeraceae
        花冠球藻屬 Coronosphaera
        地中海花冠球藻 Coronosphaera mediterranea (Lohmann) Gaarder in Gaarder & Heimdal
      - 定鞭藻綱 Prymnesiophyceae
        卵球藻目 Coccosphaerales
        Coccolithophyceae familia incertae sedis
        Florisphaera
        深水花球藻 Florisphaera profunda
      - 地位未定 Haptophyta classis incertae sedis
        地位未定 Haptophyta ordo incertae sedis
        角石藻科 Ceratolithaceae
        劍石藻屬 Gladiolithus
        扇形劍石藻 Gladiolithus flabellatus (Halldal & Markali) R.W.Jord. & A.H.L.Chamberlain
        地位未定 Haptophyta familia incertae sedis
        菱盤藻屬 Placorhombus
        濟氏菱盤藻 Placorhombus ziveriae Jer.R.Young & Geisen
    - 卵菌門 Oomycota
      - 霜黴綱 Peronosporea
        水黴目 Saprolegniales
        水黴科 Saprolegniaceae
        水黴屬 Saporlegnia
        星水黴 Saporlegnia asterophora de Bary
        南方水黴 Saporlegnia austrlis Elliott
        異絲水黴 Saporlegnia diclina Humphrey
        水黴 Saporlegnia ferax (Gruith.) Thur.
        臺灣水黴 Saporlegnia formosana Chiou
        寄生水黴 Saporlegnia parasitica Coker
        地下水黴 Saporlegnia subterranea (Dissmann) R.L.Seym.
        陸生水黴 Saporlegnia terrestris Cookson ex R.L.Seym.
        單孢水黴 Saporlegnia unispora (Coker & Couch) R.L.Seym.